Desa Sungai Dusun pada awalnya merupakan sebuah tempat persinggahan untuk menunggu pasang surut air, pada dasar nya desa ini sudah sejak zaman dulu diperkirakan sekitar lebih kurang 1960an. Desa ini berada ditebing (sebutan masyarakat sekitar) karena tempat nya yang strategis yang berada disekitar pesisir sungai dusun yang dijadikan persinggahan para pedagang dari Tembilahan ke  Kuindra, Mandah dan daerah sekitarnya, dengan mayoritas penduduknya beragama Islam, dengan mata pencaharian bercocok tanam, yang dititik beratkan pada kelapa sebagai sumber mata pencaharian masyarakat sekitar.

Desa Sungai Dusun merupakan salah satu desa yang tertua yang ada di kecamatan Batang Tuaka. Bahkan menjadi salah satu desa pendukung untuk pembentukan kecamatan Batang Tuaka diantara desa-desa lainnya yaitu: Desa Sungai Piring, Sungai Luar, Sungai Junjangan, Sungai Dusun (yang tidak mengalami pemekaran). Sungai Raya dan Desa Kuala Sebatu, dan yang meliputi Empat (4) dusun yaitu : Dusun Makmur, yang dikepalai oleh seorang Dusun yang bernama Saripudin, Dusun Sejahtera, yang dikepalai oleh seorang Dusun yang bernama Antoni, Dusun Mekar Jaya yang dikepalai oleh seorang Dusun yang bernama Muslim, dan Dusun Maju Jaya yang dikepalai oleh seorang Dusun yang bernama M. Riduan.

Yang kemudian mengalami pemekaran dusun, karena jumlah masyarakat dan jarak cukup jauh antara dusun satu dengan dusun lainnya dibentuklah dusun baru yang diberi nama Dusun Mekar Jaya yang dipimpin oleh Bapak Ismail. Oleh karena itulah desa ini di kenal Desa Sungai Dusun karean masyarakat nya hidup dipesisir sungai.